点突变小鼠_低至一万元_免费AI致病性预测,降低试错成本-赛业生物

临床研究人员获得临床样本后，经过二代测序和GWAS分析（全基因组关联分析）可产生大量SNP候选位点。然而要验证这些位点与临床表现的关系，必须回到体内实验。模拟人类疾病突变的点突变小鼠是体内研究的必备工具。在构建模型前，需要更精细化地研究突变位点才能构建精准表征疾病发病机制的模型。

为此，赛业生物联合清华珠三角研究院人工智能中心发起“致病性突变研究资助计划”，旨在借助清华珠三角研究院人工智能中心的生信分析专家团队和AI预测工具，以及赛业生物优质的点突变动物模型，助力致病性突变研究。研究者可依托清华珠三角研究院人工智能中心开发的罕见病数据中心（RDDC）中的AI算法模型：致病性突变预测工具（Patho Predict）和RNA剪接预测工具（RNA Splicer），预测碱基突变是否具有致病性以及是否影响RNA的剪切。人工智能创新中心的生信专家也可提供免费的深度生信分析服务，帮助研究者降低研发试错成本，从而快速制定研究路线，开展针对疾病致病基因的科学研究和药物发现工作。欢迎拨打400-680-8038或邮件至info@cyagen.com或点击侧边栏在线咨询联系我们。

活动时间：

2023年11月17日-12月31日

活动对象：

全国科研终端客户

活动内容

1.「模型研发资助金」

标配版：只需成功提交有效的申请信息，即可获得价值5,000元的点突变小鼠模型研发资助金，名额不限；
升级版：经生信专家团队对以上项目需求进行评估，评估通过的客户所获资助金可加码至2.8万元，即价值3.8万元的点突变小鼠仅需支付1万元的费用，限10个名额，先到先得。

2.「科研奖励计划」

发文章得奖励，赛业生物助力科研，即客户发表论文时须在文中注明使用小鼠来源于赛业生物（Cyagen），或数据分析引用RDDC：即RDDC罕见病数据库 (rddc.tsinghua-gd.org)，就有机会获得精美奖品。

“致病性突变研究资助计划”第一期入选名单公示

申请人	所在单位
李老师	哈尔滨医科大学附属第一医院
路老师	首都医科大学附属北京友谊医院
王老师	首都医科大学
杨老师	西北大学

强大的AI算法赋能基因编辑项目

Patho Predict 致病性突变预测工具
—— 快速预测突变的致病性

利用机器学习里的xgboost方法，用于对碱基突变导致的致病疾病等级（不限种类）进行预测，其预测结果可以分为四个致病性等级：良性、疑似良性、疑似致病性和致病性。

—— 突变致病性预测模型 ——
请告诉我您感兴趣的基因

RNA SplicerRNA 剪接模型工具
—— 全面助力转化医学

突变位点成百上千，如何快速锁定目标？由罕见病数据中心（RDDC）开发的RNA剪接模型工具，可对碱基序列突变后mRNA序列可能发生的剪接情况进行预测，并对预测结果进行具体的分析和展示，省时又省力。

—— RNA剪接模型 ——
请告诉我您感兴趣的基因

AI辅助预测的应用案例——杜氏肌营养不良

临床特征

AI预测结果

验证结果

杜氏肌营养不良（Duchenne Muscular Dystrophy, DMD）属于X连锁隐性遗传病，致病基因DMD是人类基因组中最大的基因（2.5 Mb）。60-65%的病例是由一个或多个DMD外显子的大量缺失引起疾病的发生；约20%的突变是由单核苷酸变异引起，包括移码突变、无义突变、错义突变和插入缺失突变。通常框内突变会导致不太严重的肌营养不良症，称为贝克尔肌营养不良症（Becker muscular dystrophy, BMD），而移码突变会导致更严重的DMD表型。患者样本采用全基因组测序，结果显示DMD基因有1个半合子突变：c.4675-2A>G突变导致发生异常剪接。

项目类型	详细信息
基因	DMD
染色体位置	chrX:32398799
转录本/外显子	NM_004006;Exon34
核苷酸/氨基酸	c.4675-2A>G
纯合/杂合	杂合
正常人频率	-
ACMG致病性分析	Pathogenic
疾病/表型（遗传方式）	杜氏肌营养不良（XLR），贝氏肌营养不良（XLR），扩张性心肌病3B型（XL）
变异来源	自发

表1. DMD患者全外显子测序结果

使用罕见病数据中心（RDDC）开发的AI线上预测工具，即致病性突变预测工具（Patho Predict）和RNA剪接模型工具（RNA Splicer），进行突变致病性及RNA剪接的预测：

结果显示该突变的致病性与患者表型相符

Probability	0.84
Prediction	Pathogenic
Gene Name	DMD
Chromosome	X

Coordinate	32380682
PHRED	35
Gene ID	1756
Consequence	Canonical splice

图1. 突变致病性预测模型预测结果

致病的原因可能是突变引起的两种剪接异常方式，其一是发生了34号外显子跳跃；其二是基因组上丢失7个碱基（非三倍数），造成了移码继而发生提前终止。

图2. RNA剪接模型预测结果

文献报道过DMD携带者中同样出现该位点的突变，并且产生了新剪接受体位点（Hofstra et al. 2004），文献结果与工具页面展示的结果一致。到目前为止，已经报道的DMD致病突变超过四千多种，使用RNA Splicer预测工具尝试对几十种影响DMD剪接的突变进行计算，AI模型计算的结果与报道结果高度一致。