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AI辅助致病性预测打开新世界大门,28万资助金带你更上一层楼!

临床研究者经常接触到大量临床案例,在采集病人样本做二代测序和生信分析后,往往会拿到一系列可能致病的突变位点,这些突变位点有成百上千个,想要在这之中确定哪些突变位点最终导致疾病的发生,需要经过难度大且费时的生信分析以及湿实验验证。现有的研究手段难以对大量突变位点做精准的分析,构建的一系列点突变小鼠模型可能未出现任何表型,这造成了极大的资源和时间的浪费。

 

由罕见病数据中心(RDDC)开发的致病性突变预测工具(Patho Predict)和RNA剪接模型工具(RNA Splicer)可以帮助研究人员解决这些难题,用户只需要输入目的基因、转录本ID、突变位点位置等关键信息,即可得到预测结果。

 

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壹.以Alport综合征为例

Alport综合征(Alport syndrome, AS)是一种以听力丧失和眼部异常为特征的进行性遗传性肾病。根据遗传方式不同,AS有X-连锁Alport综合征(XLAS)、常染色体隐性遗传AS(ARAS)和常染色体显性AS(ADAS)三种形式。XLAS是由COL4A5的致病性变异引起,临床特点为进行性肾小球肾炎、肾衰竭、感音神经性耳聋、眼部异常及肾小球基底膜缺损。该疾病表现出相当大的临床异质性,即使在同一家庭中发生肾衰竭和耳聋的时期也不同。

 

临床特征

AS的诊断依赖于遗传或病理结果,患者的全外显子测序结果显示X-连锁Alport综合征1型相关基因COL4A5存在一处半合子变异:c.1390G>A(鸟嘌呤>腺嘌呤),导致氨基酸改变p.D464N(天冬氨酸>天冬酰胺)。

 

AI辅助致病性预测

Alport综合征患者全外显子测序结果

 

AI预测结果

使用AI线上预测工具进行突变致病性及RNA剪接的预测,结果显示该突变有很大可能的致病性。

 

AI辅助致病性预测

突变致病性预测模型预测结果

 

致病的原因可能是突变导致的剪接异常,使得基因组上丢失36个碱基,从而产生了新的剪接受体,最终导致发生移码或提前终止,机体无法表达正常的蛋白。

 

AI辅助致病性预测

RNA剪接模型预测结果

 

验证结果

为验证预测出现的剪接方式,我们按照COL4A5突变位置设计Minigene-GFP/Luc报告基因质粒,分别转染至人和鼠的细胞,最后通过cDNA测序及荧光检测的结果,从湿实验中得到了AI预测正确的证据。

 

AI辅助致病性预测

 

AI辅助致病性预测 预测突变后Exon21发生36bp缺失,缺失处含有终止密码子,故mRNA发生跳跃后,细胞会表达EGFP

 
AI辅助致病性预测

细胞荧光检测,NC:无质粒转染阴性对照;PC:EGFP质粒阳性对照

 

致病性突变研究资助计划

对于有大量突变位点的临床客户,我们建议使用AI工具先做一个数据分析,将手里的一系列基因突变位点进行风险评估并根据风险程度高低排序,为您提供研究思路及方向,这样可以大幅度节省科研经费,缩短研究时长。

 

现在申请,即可获得价值5,000元的点突变小鼠模型研发资助金,名额不限;经生信专家团队对以上项目需求进行评估,通过的客户所获资助金可加码至2.8万元,即价值3.8万元的点突变小鼠仅需支付1万元的费用,限10个名额,先到先得。

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